چرا DNA مانند یک گره پیچیده شده است؟ این ساختار گره مانند باید چه کاری انجام دهد و DNA چگونه عمل می‌کند؟ چگونه DNA این گره‌ی پیچیده را به منظور تغییر خودش به ساختاری متفاوت باز می‌کند؟
یک مشکل اساسی، استنتاج مکانیزم‌های آنزیم از مشاهده تغییرات آنزیم‌ها است که کلید آن در هندسه و توپولوژی DNA نهفته است. در کتاب مذکور اشاره شده است که حل این مشکل نیازمند ساختن مدلی ریاضی برای عمل آنزیم و استفاده از این مدل برای تحلیل نتایج توپولوژیکی آزمایش‌های آنزیم‌شناسی است.
همچنین می‌افزاید: فرم گره دار محصول DNA، گره‌ها و اتصال‌ها، شامل اطلاعاتی در مورد آنزیم‌هایی است که آن‌ها را می‌سازند.