کتاب «الگوریتمها در بیوانفورماتیک: نظریه و پیادهسازی» نگاهی جامع به برخی از الگوریتمهای اصلی مورد استفاده برای توضیح عملکردها و روابط بیولوژیکی ارائه میدهد. این کتاب، هنر الگوریتمها را به شیوهای عملی که با نظریه و تفسیر بیولوژیکی مرتبط است، به خوانندگان معرفی میکند. این کتاب بسیاری از حوزههای کلیدی بیوانفورماتیک، از جمله همترازی توالی جهانی و محلی، همترازی اجباری، تشخیص موتیفها، لوگوهای توالی، زنجیرههای مارکوف یا آنتروپی اطلاعات را پوشش میدهد. رویکردهای جدید دیگری نیز شرح داده شده است، مانند همترازی خود-توالی، لکههای دیجیتال عینی (ODS) یا پیشبینی طیفی و الگوریتم آشکارساز احتمال گسسته (DPD).
متن شامل تصاویر گرافیکی برای برجسته کردن و تأکید بر جزئیات فنی الگوریتمهای محاسباتی موجود در آن است تا درک و حفظ مطالب توسط خواننده را افزایش دهد. در سراسر کتاب، به شیوهای قابل فهم و کاربردی نوشته شده است و نشان میدهد که چگونه الگوریتمها میتوانند در جاوا اسکریپت در مرورگرهای اینترنتی پیادهسازی و استفاده شوند. نویسنده بیش از ۱۲۰ پیادهسازی متنباز از مطالب و همچنین ۳۳ ارائه آماده برای استفاده را در کتاب گنجانده است. این کتاب شامل مطالب اصلی است که توسط نویسنده به صورت کلاسی آزمایش شده و موارد متعددی در زمینههای بیولوژیکی و پزشکی بررسی شدهاند. خوانندگان همچنین از موارد زیر بهرهمند خواهند شد:
مقدمهای کامل بر تکامل زیستی، شامل ظهور حیات، طبقهبندیها و برخی نظریههای شناختهشده و مکانیسمهای مولکولی
ارائه مفصلی از روشهای جدید، مانند همترازی خود-توالی، لکههای دیجیتال عینی و پیشبینی طیفی
بررسی همترازی توالی، شامل همترازی توالی محلی، همترازی توالی جهانی و همترازی توالی اجباری با پیادهسازیهای کامل
بحثهایی در مورد ماتریسهای وزن ویژه موقعیت، شامل ماتریسهای شمارش، وزن، فراوانیهای نسبی و احتمال لگاریتمی
ارائه مفصلی از روشهای مرتبط با زنجیرههای مارکوف و همچنین شرح پیادهسازی آنها در بیوانفورماتیک و زمینههای مجاور
بررسی اطلاعات و آنتروپی، شامل لوگوهای توالی و توضیحات مربوط به معنای آنها
بررسی وضعیت فعلی بیوانفورماتیک، شامل آنچه شناخته شده است و مسائلی که معمولاً در این زمینه از آنها اجتناب میشود
فصلی در مورد تراکنشهای فلسفی که به خواننده امکان دید وسیعتری از فرآیند پیشبینی را میدهد
پیادهسازیهای کامپیوتری بومی در زمینه بیوانفورماتیک
مثالهای کاربردی گسترده با مطالعات موردی دقیق که به معنای نتایج مختلف اشاره میکنند
مناسب برای متخصصان و محققان در زیستشناسی، پزشکی، مهندسی و فناوری اطلاعات، و همچنین دانشجویان کارشناسی ارشد در این رشتهها، کتاب «الگوریتمها در بیوانفورماتیک: نظریه و پیادهسازی» همچنین جایگاهی در کتابخانههای مهندسان نرمافزاری که مایل به درک نحوه پیادهسازی الگوریتمهای بیوانفورماتیک در محصولات خود هستند، کسب خواهد کرد.
