ویژگیهای کلیدی
بهکارگیری بستههای مدرن R برای پردازش دادههای بیولوژیکی با استفاده از مثالهای دنیای واقعی
نمایش دادههای بیولوژیکی با تجسمهای پیشرفته و گردشهای کاری مناسب برای تحقیق و انتشارات
حل مسائل بیوانفورماتیک دنیای واقعی مانند رونوشتبرداری، ژنومیک و فیلوژنتیک
شرح کتاب
ویرایش دوم بهروز شده کتاب آشپزی بیوانفورماتیک R، رویکردی مبتنی بر دستور العمل را در پیش گرفته است تا به شما نشان دهد چگونه تحقیقات و تجزیه و تحلیل عملی در زیستشناسی محاسباتی را با R انجام دهید. شما یاد خواهید گرفت که چگونه یک محیط کاری مفید و مدولار R ایجاد کنید، همراه با بارگذاری، تمیز کردن و تجزیه و تحلیل دادهها با استفاده از بهروزترین ابزارهای Bioconductor، ggplot2 و tidyverse.
این کتاب شما را با ابزارهای Bioconductor که برای درک و اجرای پروتکلها در RNA-seq و ChIP-seq، فیلوژنتیک، ژنومیک، جستجوی ژن، حاشیهنویسی ژن، تجزیه و تحلیل آماری و تجزیه و تحلیل توالی لازم است، آشنا میکند. با پیشرفت در درس، نحوه استفاده از Quarto برای ایجاد گزارشها، ارائهها و وبسایتهای غنی از داده و همچنین درک روشنی از نحوه بهکارگیری تکنیکهای یادگیری ماشین در حوزه بیوانفورماتیک را خواهید آموخت. فصلهای پایانی به شما کمک میکنند تا در مهارتهای کلیدی، مانند تجزیه و تحلیل حاشیهنویسی ژن و برنامهنویسی تابعی در purrr و پایه R، مهارت کسب کنید. در نهایت، نحوه استفاده از جدیدترین ابزارهای هوش مصنوعی، از جمله ChatGPT، برای تولید، ویرایش و درک کد R و تهیه گردشهای کاری برای تجزیه و تحلیلهای پیچیده را کشف خواهید کرد.
در پایان این کتاب، درک کاملی از مهارتها و تکنیکهای مورد نیاز برای تبدیل شدن به یک متخصص بیوانفورماتیک و کار مؤثر با مجموعه دادههای بیوانفورماتیک بزرگ و پیچیده به دست خواهید آورد.
آنچه خواهید آموخت
ایجاد یک محیط کاری برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با R
وارد کردن، تمیز کردن و سازماندهی دادههای بیوانفورماتیک با استفاده از tidyr
ایجاد نمودارها، گزارشها و ارائههای با کیفیت انتشار با استفاده از ggplot2 و Quarto
تحلیل RNA-seq، ChIP-seq، ژنومیک و ژنتیک نسل بعدی با Bioconductor
جستجوی ژنها و پروتئینها با انجام فیلوژنتیک و حاشیهنویسی ژن
اعمال تکنیکهای ML بر روی دادههای بیوانفورماتیک با استفاده از mlr3
سادهسازی کار برنامهنویسی با استفاده از تکرارکنندهها و ابزارهای کاربردی در بستههای پایه R و purrr
استفاده از ChatGPT برای ایجاد، حاشیهنویسی و اشکالزدایی کد و گردشهای کاری
این کتاب برای چه کسانی مناسب است؟
این کتاب برای متخصصان بیوانفورماتیک، تحلیلگران داده، محققان و توسعهدهندگان R است که میخواهند با یادگیری از طریق رویکردی مبتنی بر دستور العمل، به مسائل بیولوژیکی و بیوانفورماتیک سطح متوسط تا پیشرفته بپردازند. دانش عملی زبان برنامهنویسی R و دانش پایه بیوانفورماتیک پیشنیاز هستند.
فهرست مطالب
تنظیم محیط کاری بیوانفورماتیک R
بارگذاری، مرتبسازی و پاکسازی دادهها در tidyverse
ggplot2 و افزونههایی برای نمودارهای کیفیت انتشار
استفاده از Quarto برای ایجاد گزارشها، ارائهها و وبسایتهای غنی از داده
انجام آسان آزمونهای آماری با استفاده از مدلهای خطی
انجام توالییابی کمی RNA
یافتن انواع ژنتیکی با دادههای HTS
جستجوی توالیهای ژن و پروتئین برای دامنهها و موتیفها
تحلیل و تجسم فیلوژنتیک
تحلیل حاشیهنویسیهای ژن
یادگیری ماشین با mlr3
برنامهنویسی تابعی در puRRR و R پایه
توسعه Turbo-Charging در R با ChatGPT
