ویژگی‌های کلیدی
انجام تجزیه و تحلیل‌های پیچیده بیوانفورماتیک با استفاده از ضروری‌ترین کتابخانه‌ها و برنامه‌های پایتون
پیاده‌سازی توالی‌یابی نسل بعدی، متاژنومیکس، تجزیه و تحلیل خودکار، ژنتیک جمعیت و موارد دیگر
بررسی تکنیک‌های مختلف آماری و یادگیری ماشین برای تجزیه و تحلیل داده‌های بیوانفورماتیک
شرح کتاب
بیوانفورماتیک یک حوزه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از محاسبات ساده تا پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کند و این کتاب به شما نشان می‌دهد که چگونه این وظایف را با استفاده از پایتون مدیریت کنید.
این ویرایش سوم به‌روز شده از کتاب آشپزی بیوانفورماتیک با پایتون با مروری سریع بر ابزارها و کتابخانه‌های مختلف در اکوسیستم پایتون آغاز می‌شود که به شما در تبدیل، تجزیه و تحلیل و تجسم مجموعه داده‌های بیولوژیکی کمک می‌کند. در مرحله بعد، شما تکنیک‌های کلیدی برای توالی‌یابی نسل بعدی، آنالیز تک سلولی، ژنومیک، متاژنومیک، ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک و پروتئومیکس را با کمک مثال‌های دنیای واقعی پوشش خواهید داد. شما یاد خواهید گرفت که چگونه با سیستم‌های خط لوله مهم مانند سرورهای Galaxy و Snakemake کار کنید و ماژول‌های مختلف پایتون را برای برنامه‌نویسی تابعی و غیرهمزمان درک کنید. این کتاب همچنین به شما کمک می‌کند تا موضوعاتی مانند کشف SNP را با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوب‌های محاسباتی با کارایی بالا، از جمله Dask و Spark، بررسی کنید. علاوه بر این، کاربرد الگوریتم‌های یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک را بررسی خواهید کرد.
در پایان این کتاب پایتون بیوانفورماتیک، شما به دانش لازم برای پیاده‌سازی جدیدترین تکنیک‌ها و چارچوب‌های برنامه‌نویسی مجهز خواهید شد و شما را قادر می‌سازد تا با داده‌های بیوانفورماتیک در هر مقیاسی سروکار داشته باشید.
آنچه خواهید آموخت
با کتابخانه‌های پردازش داده مانند NumPy، pandas، arrow و zarr در زمینه تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک به خوبی آشنا شوید
با پایگاه‌های داده ژنومی تعامل داشته باشید
مسائل دنیای واقعی را در زمینه‌های ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک و پروتئومیکس حل کنید
با استفاده از یک سرور Galaxy و Snakemake، خطوط لوله بیوانفورماتیک بسازید
با functools و itertools برای برنامه‌نویسی تابعی کار کنید
پردازش موازی را با Dask روی داده‌های بیولوژیکی انجام دهید
با scikit-learn تکنیک‌های تحلیل مؤلفه اصلی (PCA) را بررسی کنید
این کتاب برای چه کسانی مناسب است؟
این کتاب برای تحلیلگران بیوانفورماتیک، دانشمندان داده، زیست‌شناسان محاسباتی، محققان و توسعه‌دهندگان پایتون است که می‌خواهند به مسائل زیست‌شناسی و بیوانفورماتیک سطح متوسط تا پیشرفته بپردازند. دانش عملی از زبان برنامه‌نویسی پایتون مورد انتظار است. دانش پایه زیست‌شناسی نیز مفید خواهد بود.
فهرست مطالب
پایتون و بوم‌شناسی نرم‌افزارهای اطراف
استفاده از کتابخانه‌های پردازش داده: numpy، pandas، arrow و zarr
توالی‌یابی نسل بعدی
پردازش پیشرفته داده‌های NGS
کار با ژنوم‌ها
ژنتیک جمعیت
فیلوژنتیک
استفاده از بانک داده پروتئین
خطوط لوله بیوانفورماتیک
یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک
پردازش موازی با Dask
برنامه‌نویسی تابعی و ناهمزمان
