بیوانفورماتیک با پایتون؛ فراگیری نحوه استفاده از کتابخانه ها و کاربردهای بیوانفورماتیک پایتون مدرن برای انجام تحقیقات پیشرفته در بیولوژی محاسباتی

ویژگی‌های کلیدی

انجام تجزیه و تحلیل‌های پیچیده بیوانفورماتیک با استفاده از مهم‌ترین کتابخانه‌ها و برنامه‌های پایتون
پیاده‌سازی توالی‌یابی نسل بعدی، متاژنومیکس، تجزیه و تحلیل خودکار، ژنتیک جمعیت و موارد دیگر
بررسی تکنیک‌های مختلف آماری و یادگیری ماشین برای تجزیه و تحلیل داده‌های بیوانفورماتیک

شرح کتاب

بیوانفورماتیک یک حوزه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از محاسبات ساده تا پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کند.

این کتاب توالی‌یابی نسل بعدی، ژنومیکس، متاژنومیکس، ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک و پروتئومیکس را پوشش می‌دهد. شما تکنیک‌های برنامه‌نویسی مدرن را برای تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده‌های بیولوژیکی خواهید آموخت. با کمک مثال‌های دنیای واقعی، مجموعه داده‌ها را با استفاده از ابزارها و کتابخانه‌های مختلف پایتون تبدیل، تجزیه و تحلیل و تجسم خواهید کرد.

این کتاب به شما کمک می‌کند تا درک بهتری از کار با یک سرور گلکسی، که پرکاربردترین سیستم خط لوله مبتنی بر وب بیوانفورماتیک است، داشته باشید. این نسخه به‌روز شده همچنین شامل تکنیک‌های پیشرفته فیلترینگ توالی‌یابی نسل بعدی است. همچنین موضوعاتی مانند کشف SNP را با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوب‌های محاسباتی با کارایی بالا مانند Dask و Spark بررسی خواهید کرد.

در پایان این کتاب، شما قادر خواهید بود از تکنیک‌ها و چارچوب‌های برنامه‌نویسی مدرن برای مقابله با سیل فزاینده داده‌های بیوانفورماتیک استفاده و پیاده‌سازی کنید. آنچه خواهید آموخت

یادگیری نحوه پردازش مجموعه داده‌های بزرگ توالی‌یابی نسل بعدی (NGS)
کار با مجموعه داده‌های ژنومی با استفاده از فرمت‌های FASTQ، BAM و VCF
یادگیری انجام مقایسه توالی و بازسازی فیلوژنتیک
انجام تجزیه و تحلیل پیچیده با داده‌های پروتئمیک
استفاده از پایتون برای تعامل با سرورهای Galaxy
استفاده از تکنیک‌های محاسبات با کارایی بالا با Dask و Spark
تجسم تعاملات مجموعه داده‌های پروتئینی با استفاده از Cytoscape
استفاده از PCA و درخت‌های تصمیم‌گیری، دو تکنیک یادگیری ماشین، با مجموعه داده‌های بیولوژیکی

این کتاب برای چه کسانی مناسب است

این کتاب برای دانشمندان داده، دانشمندان، تحلیلگران بیوانفورماتیک، محققان و توسعه‌دهندگان پایتون است که می‌خواهند با استفاده از یک رویکرد مبتنی بر دستور العمل، به مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیک سطح متوسط ​​تا پیشرفته بپردازند. دانش عملی زبان برنامه‌نویسی پایتون مورد انتظار است.

فهرست مطالب

پایتون و بوم‌شناسی نرم‌افزار پیرامون آن
توالی‌یابی نسل بعدی
کار با ژنوم‌ها
ژنتیک جمعیت
شبیه‌سازی ژنتیک جمعیت
فیلوژنتیک
استفاده از بانک داده‌های پروتئین
خطوط بیوانفورماتیک
پایپ‌لاین‌های بیوانفورماتیک
پایتون برای مجموعه داده‌های بزرگ ژنومیک
سایر مباحث در بیوانفورماتیک
یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک